小说《百鸟朝凤》发表于《当代》杂志2009年第二期。陆续有导演给肖江虹打电话，希望将其改成电影。导演们觉得小说细节充足，但为市场考虑，要加上些商业元素，甚至想让师兄弟两人卷入三角恋。
肖江虹觉得那会冲淡小说的主题。他推掉了三四位导演，把小说给了一位以拍摄文艺片闻名的“第六代”导演，直到2010年他接到吴天明希望拍《百鸟朝凤》的电话。
吴天明快十年没拍电影，给出的改编费用也比前面的导演低不少，但肖江虹还是决定把改编权交给他：“他可能没那么多技术层面的东西，但像他这种老老实实讲好故事的中国导演，已经快绝种了。”肖江虹看过吴天明导演的好几部电影，包括《老井》《变脸》，路遥同名小说改编的《人生》，以及国企题材的《首席执行官》，早对吴天明有信赖感。
电影与小说的叙事大体相仿，主角游天鸣拜师学唢呐，遇到种种考验，体会唢呐艺术的价值所在，出师后带领游家班出活，渐渐发现唢呐与当下社会脱节，人心离散……对待这种颓态的不同态度，成了电影和小说的分歧之处。
小说里，学到《百鸟朝凤》的天鸣，头一次吹就忘了曲子，搞砸了。师父连笑带哭，站起来后，对跪在地上的孝子们鞠了三个躬，又折断了专吹《百鸟朝凤》的唢呐，独自离开。最后，他进城为徒弟蓝玉的工厂看门。在电影里，焦三爷更倔强，揍了一顿想进城的徒弟，自己则吹唢呐吹到泣血。
“吴导的改编更倾向情怀，我的小说是比较决绝的，生活中就是这样，哪有这么多坚持的人啊？”肖江虹对南方周末记者说。
很多评论认为，吴天明在电影中自况为师父焦三爷，肖江虹认为这是误解。《百鸟朝凤》与《变脸》《老井》一样，重在讲坚守，“应该逝去的东西都要逝去，历史是要往前走的，谁都挡不住。但是它精神层面的东西永远都不会消失。可能附着在另外什么东西的载体上。”肖江虹解释。
肖江虹原本写的是老家贵州修文的故事，吴天明则把故事移植到自己的家乡陕西。肖江虹发现，两个地方的唢呐区别不大，两地的唢呐民俗已基本消亡。肖江虹编剧时，很多东西都凭想象，后来咨询唢呐顾问才确定，原来小说里写的离实际情况差不多。
为了改编剧本，吴天明去较为安静的京津新城待了将近一个半月。写到焦三爷的戏，吴天明有时痛哭流涕。
五年前，吴妍妍就劝吴天明，不要拍这部电影，题材沉重，市场可能不会接纳。“你花两三年的宝贵创作时间，拍出来，观众不买账，影院经理不给排片，你会很伤心的。”
“老子就要拍！”吴天明拍了桌子，回应道，“我不是拍给现在的观众看的，我是拍给未来的！”
影片定稿之后，吴天明一直在修改。“最后一稿他修的是音乐和最后的结尾。”吴妍妍记得，两人聊天时，她提出，结尾的冲击力还是不够。
当时的结尾是几个徒弟来到师父的坟前，为他吹《百鸟朝凤》。
吴天明后来改成了：游天鸣独自在坟前吹给师父听。最后一幕是场幻象：师父身穿深棕色的中式褂子，转背走在田间，越走越远。
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